La rupe su cui sorge il centro storico di Farnese, come dimostrato da vari oggetti ritrovati, è stata abitata fin dall'Età del Bronzo Finale, bisogna però

giungere al medioevo per avere documenti scritti riguardanti questo Paese.
Risalgono infatti all'XI° secolo le prime notizie della famiglia dei signori de "Farneto" come allora veniva chiamata la località (dovuta forse alla vasta distesa di una specie di quercia chiamata Farnia).
Con certezza nella metà del XII° secolo, il feudo di Farnese apparteneva al Conte Ranieri di Bartolomeo, in seguito venne compreso nella contea Aldobrandesca.
Nel medioevo le vicende del paese sono legate a quelle dell'omonima potente famiglia.
I Farnese appaiono come condottieri degli eserciti di vari comuni (Orvieto, Siena, Firenze) ed assendo Guelfi aiutarono l'opera di assoggettamento di queste terre all'autorità papale combattendo contro la corrente Ghibellina, ad esempio nella guerra del Cardinal Albornoz per la riconquista del Patrimonio di S. Pietro in Tuscia.
La famiglia però col tempo cominciò a dividersi tanto che nel 1389 Giovanni e Sciarra di Puccio Farnese, entrarono nel paese ed assediarono i loro parenti Bertoldo e i figli di Ranuccio rifugiati nella rocca.
Questo fatto sta alle origini della divisione dei feudi farnesiani sancita nel 1537 con la creazione del Ducato di Castro.
Farnese e Latera con altri possedimenti minori andarono a costituire un microscopico stato durato come tale fino al 1658.
Soprattutto nella seconda metà del XVI° secolo con Bertoldo Farnese ed i suoi figli Galeazzo, Fabio e specialmente Mario, il paese ebbe una notevole fioritura ed assunse un rilievo di grande importanza nei confronti dei grandi stati del tempo.
I suoi signori comandarono eserciti e si destreggiavano all'interno di diplomazie di Spagna, Stato Pontificio (Card. Alessandro Farnese eletto papa nel 1534 con il nome di Paolo III°), Ducato di Parma e Piacenza (ove per diversi secoli hanno governato come Duchi e Signori di quei possedimenti) e Repubblica di Venezia.
Farnese venne abbellita di edifici, chiese, conventi, opere d'arte, parchi, giardini a cui lavorarono importanti artisti del tempo come Smeraldo Smeraldi, Annibale Carracci, Orazio Gentileschi, Anton Maria Panico e Jacopo Barozzi detto il Vignola.
Grande attenzione fu dedicata allo sviluppo dell'agricoltura con apposite regolamentazioni e privilegi ed alla creazione di opifici.
Nel 1658 il feudo di Farnese venne venduto dal Duca Pietro alla famiglia Chigi ed Agostino ne prese possesso col titolo di Principe. Il Principato sopravvisse in piena autonomia fino al 1825 quando ritornò alla Camera Apostolica senza grossi avvenimenti rinchiuso nella sua vita tranquilla e laboriosa con qualche iniziativa: la polveriera di Salabrone, una ferriera, qualche forno per la calce, qualche fornace per i mattoni ed un teatro nella rocca.
Nel 1834 il feudo di Farnese venne acquistato dal Maresciallo francese De Goumont il conquistatore di Algeri, in seguito nel 1856 pervenne Alessandro Torlonia che lo tenne fino agli inizi del secolo.
Il 19 ottobre 1867 a Farnese avvenne uno scontro tra volontari garibaldini e soldato pontifici: lo scontro, durato circa tre ore coinvolse quasi trecento volontari in maggiornza toscani al comando del maggiore garibaldino Sgarallino, e diverse colonne di Zuavi, soldati e gendarmi papalini.
Caddero in molti da entrambe le parti, tra cui il tenente degli zuavi Duphornel a cui è dedicata una lapide in francese sulla facciata di palazzo Luccattini (l'ultimo palazzo sulla destra dopo il cimitero). una analoga epigrafe opera del Guerrazzi ricorda tre caduti garbaldini: Ettore Comparini, Rocco Grassini e Natale Capannoli tutti di Massa Marittima.
Nella seconda metà dell'ottocento Farnese fu interessata dal fenomeno del brigantaggio, sia perché il suo territorio ben si prestava alla latitanza, sia perché alcuni banditi erano nativi del paese. L'ambiente della Selva del Lamone, aspro e selvaggio pieno di anfratti quasi inaccessibili e sconosciuti, era ideale per nascondersi, e insieme ai monti di Castro si rivelò rifugio e luogo di azione sicuro per i briganti.
A Farnese erano nati Domenico Biagini, detto il Curato, e Giuseppe Basili, detto Basiletto, che venne poi ucciso dal Biagini il 14 luglio 1879 e furono entrambi compagni del più noto dei briganti Domenico Tiburzi.
Diversi furono i briganti sepolti nel vecchio cimitero di Farnese dopo l'autopsia effettuata nel convento di Sant'Umano (S. Rocco): i banditi Davide Biscarini, Vincenzo Pastorini e Basiletto; un altro brigante noto col nome di Veleno venne sepolto all'esterno del cimitero medesimo. Molti furono i farnesani che vennero cionvolti come fiancheggiatori dei biganti in molti processi, tra essi anche lo stesso sindaco Pietro Castiglioni.
Nel 1887 venne finalmente condotta a Farnese (dopo diversi tentativi fatti in epoche precedenti) l'acqua della sorgente "La Botte", realizzando un sogno plurisecolare, venne infatti solennizzato il grande evento il 25 settembre 1887 con diverse manifestazioni religiose e civili, e con l'inaugurazione della Fontana Monumentale di Piazza del Comune.
Nel secolo scorso il nostro paese ha seguito il destino dei piccoli centri delle zone marginali per cui soprattutto dalla fine della seconda guerra mondiale la popolazione è andata pian piano diminuendo passando dai 3500 abitanti all'inizio del secolo agli attuali 1700.